Al llarg del segle XVIII, quan Europa encara vivia assolada per les pestes, Molló va decidir erigir una capella dedicada a Sant Sebastià, màrtir romà, en agraïment al sant per haver salvat a la població d'aquesta malaltia. Explica la llegenda, que els mollonencs van entregar-se a Sant Sebastià, advocat i protector de la pesta, per protegir-se d'aquest mal que assolava moltes poblacions, i que cap vilatà va morir d'aquesta causa, mentre que molts animals i ocells sí ho van fer al Carrer de les Marrades, que en aquella època era el carrer que donava accés al poble des de Camprodon. En agrïment al sant, Molló va decidir eirigir una capella i fer-lo copatró de la població (conjuntament amb Santa Cecília), així com fer una novena cada any.

​​